Man empfiehlt Systeme mittels geeigneter Virensoftware ständig zu überprüfen, so können massive Schäden im Vorfeld vermieden werden. Mehr dazu im Kapitel Anti-Virus-Software.
Beim Upgrade von NT 4.0 Server auf die Standard Edition werden vier Prozessoren unterstützt. Bereits in dieser Version werden die Windows Terminal Services enthalten sein. Die Windows NT Enterprise Edition wird als Windows 2000 Advanced Server weitergeführt. Hier werden bis zu 8 GB Hauptspeicher und acht Prozessoren unterstützt. Ebenfalls enthalten sind Network Load Baiancing und Cluster Support für Application Failover.
Der Windows 2000 Datacenter Server bildet das obere Ende und unterstutzt bis zu 32 Prozessoren und 64 GB Hauptspeicher und bietet mehr Clusterfunktionen.
Installation von Windows2000: Die Installation von Windows 2000 auf einem Rechner ohne Betriebssystem erfolgt mit einer bootfähigen CD. Plug-and-Play hält nun auch bei Microsoft Windows 2000 Einzug, was die Installation vereinfacht. Eine weitere Vereinfachung gegenüber Windows NT ist, dass ein Reboot seltener notwendig ist. Ebenso ist die USB-Unterstützung in Windows 2000 implementiert. Im Gegensatz zu Windows NT Server muss nicht bereits bei der Installation festgelegt werden, ob der Windows 2000 Server als Domänencontroller genutzt werden soll. Mittels des Assistenten zur Serverkonfiguration kann der Dienst für das Aktive Directory (Verzeichnisdienst insbesondere zur Benutzerverwaltung) auch nachträglich installiert werden.
Reparaturmechanismen: Windows 2000 ist mit einem verbesserten, abgesicherten Bootmodus ausgestattet. Ein weiterer, verbesserter Reparaturmechanismen ist in der Kommandozeile implementiert.
Administrierbarkeit. Microsoft Windows 2000 implementiert Active Directory als zentrale Plattform, die den Zugriff und Management auf Netzwerk- und Systemressourcen vereinfacht. Benutzer können anders als im Benutzermanager für Windows NT - im Aktive Director), hierarchisch in Container gegliedert angelegt und verwaltet werden. Bei Windows 2000 ist die Benutzverwaltung nicht nur strukturierter, die Grenze von ca. 20-40.000 Usem pro Domäne unter NT wurde bei Windows 2000 faktisch aufgehoben. Weitere Features sind ein zentralisiertes Konfigurationsmanagement und die konfigurierbare und erweiterbare Microsoft Management Console (MMC).
Skalierbanceit und Erweiterbarkeit: Die neue Version von Microsoft Windows NT unterstützt bis zu 64 GB physischen Speicher. Mit dem Microsoft Cluster Server können zwei oder mehr Server im Verbund arbeiten. Dabei überwachen sich die Geräte gegenseitig um bei einem Ausfall eines Servers ohne Unterbrechung den Betrieb aufrecht zu halten. Während dem normalen Betrieb können die Server die Arbeitslast untereinander aufteilen, um eine höhere Produktivität zu erreichen.
Storage Management: NTFS implementiert nun auch eine Quotierung, mit der den Benutzern der maximal zur Verfügung stehende Plattenplatz festgelegt werden kann. Die NTFS-Erweiterung EFS (Encryption File System) ermöglicht die Verschlüsselung sensibler Daten